สถาบันอิสลามและอาหรับศึกษา เป็นหน่วยงานหนึ่งของมหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ มีหน้าที่ในการบริหารตามพันธกิจทั้ง 5 ด้านตามที่มหาวิทยาลัยได้มอบหมาย ประกอบด้วยพันธกิจด้านการผลิตบัณฑิตที่มีองค์ความรู้อิสลามและสามารถนำไปประยุกต์ใช้ในชีวิตประจำวันและสามารถใช้ชีวิตในสังคมพหุวัฒนธรรมได้ พันธกิจด้านวิจัยเน้นให้คณาจารย์ทำการศึกษาวิจัยเรื่องที่สามารถนำไปใช้ประโยชน์ในชุมชนโดยการของบสนับสนุนจากแหล่งทุนภายนอก พันธกิจด้านการบริการวิชาการโดยมีศูนย์บริการวิชาการอิสลามและภาษาอาหรับเป็นตัวขับเคลื่อนการให้บริการวิชาการแก่ชุมชน หน่วยงานภาครัฐและเอกชน และมีศูนย์สาธิตการศึกษาอิสลาม(ตาดีกา)มัสยิดมหาวิทยาลัยทำหน้าที่จัดการเรียนการสอนความรู้พื้นฐานเกี่ยวกับอิสลามแก่เยาวชนในพื้นที่ พันธกิจด้านการทำนุบำรุงศาสนาและศิลปวัฒนธรรมโดยการปลูกฝังให้บุคลากรและนักศึกษามีหัวใจผูกพันกับมัสยิดและจัดกิจกรรมเนื่องในวันสำคัญของประวัติศาสตร์อิสลามที่สอดคล้องกับหลักการอิสลามและบริบทของชุมชน และพันธกิจด้านการบริหารจัดการโดยใช้หลักการงานอย่างเป็นทีม มีระบบ เปิดโอกาสให้บุคลากรทุกคนมีส่วนร่วมในการเสนอความคิดเห็น เน้นความซื่อสัตย์ โปร่งใสและมีประสิทธิภาพ ตามนัยแห่งอัลกุรอาน “พระผู้ทรงให้มีความตายและให้มีความเป็น เพื่อจะทดสอบพวกเจ้าว่า ผู้ใดบ้างในหมู่พวกเจ้าที่มีผลงานดียิ่งและพระองค์เป็นผู้ทรงอำนาจ ผู้ทรงให้อภัยเสมอ” (67 : 2)